Koen Palinckx kreeg de politiek met de paplepel binnen. Zijn beide grootvaders waren nog burgemeester van het onafhankelijke Ekeren. Tijdens zijn studies aan het Sint-Michielscollege engageerde hij zich reeds in de politieke club en aan de universiteit van Gent lag Koen aan de basis van de heroprichting van het KVHV (Katholiek Vlaams Hoogstudenten Verbond) waarvan hij praeses was in 1990-91.
In de jaren ’90 woonde Koen een tijd in Kapellen waar hij zich engageerde in de lokale politiek. Bij de eerste rechtstreekse verkiezing van de Ekerse districtsraad in 2000 werd Koen verkozen als raadslid en dit herhaalde hij in 2006.
Vanaf 2008 werd Koen districtsschepen (cultuur en mobiliteit) en bij de verkiezingen van 2012 werd hij zowel verkozen in de provincieraad als in de Ekerse districtsraad. Vanaf januari 2013 werd Koen districtsburgemeester, bevoegd voor oa. cultuur en feestelijkheden.
Bij de verkiezingen van 2018 behaalde Koen met 2942 het hoogste aantal voorkeursstemmen ooit in Ekeren en kon hij zijn mandaat als districtsburgemeester verlengen. Koen werd ook voor een tweede keer rechtsreeks verkozen in de Antwerpse provincieraad.
Professioneel is Koen actief in de cultuursector en als historicus is hij zeer geëngageerd betrokken bij al wat met de geschiedenis van de Tweede Wereldoorlog te maken heeft. Koen is ook voorzitter van de raad van bestuur van het War Heritage Institute.